電磁屏蔽室的組成系統有五大系統組成，分別是電源系統，消防報警系統，空調系統，接地系統，進排風系統組成。
空調系統：屏蔽室空氣調節系統可根據實際情況配置。有中央空調時可由波導窗直接接入，也可單獨安裝空調。民用空調、商用空調、精密空調均可選用，空調電源線、內外機控制信號線、氣水管都必須進行相應屏蔽處理。
消防報警系統：電磁屏蔽室應配備消防報警和噴淋系統。報警信號線及相關控制信號也要分別進行濾波處理。一般配置煙感報警信號一路。
接地系統：因工作時殼體有一定漏電（與濾波器工作特性有關），故防護室接地要求極高。要求單點接地，跟地質因素有關，接地電阻≤1Ω。
電源系統：屏蔽室電源一般按需要配置設備電源、空調照明輔助電源。因工作時殼體有一定漏電，故防護室電源不能經過漏電保護器。
隔震：人防、國防指揮所工程的通信要素室都涉及隔震工程，與電磁脈沖防護室有密切的交叉施工關系。隔震分標準隔震和簡易隔震，前者工藝復雜，造價較高，簡易隔震由黃沙層、混凝土層組成。
進排風管：電磁脈沖防護室要與進排風管銜接，應在其鋪設到位后才能進場安裝。
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